O programa foi lançado em julho de 2011 e se tornou uma das principais bandeiras da presidente Dilma Rousseff na educação. De acordo com o ministro da educação, Mendonça Filho, o montante gasto para mandar 30 mil estudantes para fora, seria possível pagar a merenda escolar para 40 milhões de alunos do ensino básico.

Em 2015, o Ciência sem Fronteiras consumiu cerca de R$ 3,2 bilhões, enviando alunos para universidades americanas e europeias. As bolsas de pós-graduação permanecerão como eram antes.