Em agosto de 2016, foram cumpridos mandados de busca e apreensão na Câmara de Sobral e na sede Instituto Cidades, em Fortaleza, deferidos pelo juiz da 1ª Vara Cível de Sobral, Mauricio Fernandes Gomes, para investigar denúncias de fraude na contratação do Instituto para realização, em 2015, de concurso para preencher cargos no Legislativo. Dez pessoas estavam sendo investigadas.

O presidente do Instituto, o cearense Leonardo Carlos Chaves, teve sua prisão preventiva decretada por beneficiar parentes de membros do alto escalão da Defensoria Pública do Amazonas, em concurso realizado em 2011. Dessa vez, investigadores suspeitam de envolvimento de agentes da Polícia Federal nas irregularidades do instituto.