No total, foram três temas propostos aos candidatos nesta edição. Na versão impressa, 'Estigma associado às doenças mentais na sociedade brasileira' foi o escolhido. Na versão digital, 'O desafio de reduzir as desigualdades entre as regiões do Brasil', e, na reaplicação da prova, 'A falta de empatia nas relações sociais no Brasil'.

Já entre as provas com questões objetivas, a que teve maior média geral foi a de linguagens, códigos e suas tecnologias, com 523,98 pontos. Matemática ficou com a média geral em 520,73, seguida de ciências humanas, com 511,64 e ciências da natureza, com 490,39.

Para o cálculo das notas de cada área, o instituto adota a Teoria de Resposta ao Item (TRI), um conjunto de modelos matemáticos que permite a comparabilidade entre as edições do exame. Já as redações foram corrigidas uma a uma, por pelo menos dois corretores. 

Em meio à pandemia de covid-19, o exame teve abstenção recorde. De acordo com o Inep, dos 5.523.036 estudantes que se inscreveram para a versão impressa do Enem 2020, 51.6% não compareceram. O número foi ainda maior para os 93.079 inscritos na primeira edição do Enem digital, com 68,5% de não comparecimento. Já no exame para adultos e jovens privados de liberdade, no Enem PPL, dos 41.864 inscritos a participação foi de 74,1%.

No balanço divulgado do Enem 2020 ainda consta que 5.787 participantes foram eliminados, sendo 5.505 do Enem impresso, 141 do digital, 16 do Enem PPL e 125 da reaplicação. Seis participantes da versão impressa foram eliminados por não utilizarem a máscara de proteção cobrindo nariz e a boca, desde sua entrada até a saída do local de prova.