Três investigações foram abertas na gestão do ministro.  No Ceará, os procedimentos foram abertos pelo Procurador da República Marcelo Mesquita. O primeiro apura, com base em relatório de fiscalização do TCU, aditivos feitos pelo ministério em contratos do Eixo Norte. O segundo apura a instalação de trechos do Eixão das Águas, projeto do governo estadual que irá escoar na transposição em áreas indígenas. De acordo com a Procuradoria, o estudo de impacto ambiental não considerou a existência da terra indígena Tapeba.  As primeiras ações sobre a transposição foram propostas em 2005. Os inquéritos apuram desde fraudes em licitações até a remoção de índios de locais por onde passam as obras. Segundo o procurador da República de Pernambuco, Rodrigo Gomes Teixeira, autor de dois inquéritos, os processos estão em fase de instrução.  Uma das investigações apura indícios de fraude nas obras das bacias hidrográficas do Nordeste Setentrional. "As irregularidades repercutem no âmbito da improbidade administrativa e no plano ambiental. A improbidade é consistente na concessão irregular de licença prévia à execução do projeto de integração do Rio São Francisco e já existe processo judicial na Justiça Federal do Distrito Federal", informou o procurador. Já a questão ambiental trata da ausência do dimensionamento dos impactos ambientais da obra.