Depois do início da investigação do Vaticano, em 2015, Pagotto recebeu a determinação de não ordenar padres ou receber novos seminaristas.

Em 2012, ele foi acusado de coagir adolescentes para que mudassem seus depoimentos a fim de proteger um frei acusado de estupro.

Com a renúncia, o posto de arcebispo fica vago até que um substituto seja nomeado. Enquanto isso, Dom Genival de França, bispo emérito de Palmares (PE), administrará o local.