Em nota a PF afirma que o esquema seria composto pelo então vice-presidente de Pessoa Jurídica da Caixa Econômica Federal, Geddel Vieira Lima (ex-ministro do governo Temer, envolvido em um escândalo sobre um apartamento na Bahia), pelo vice-presidente de Gestão de Ativos, além de um servidor da CEF, empresários e dirigentes de empresas dos ramos de frigoríficos, de concessionárias de administração de rodovias, de empreendimentos imobiliários e de um operador do mercado financeiro. 

A investigação da Operação Cui Bono é um desdobramento da Operação Catilinárias, realizada em 15 de dezembro de 2015. Naquela oportunidade os policiais federais encontraram um aparelho celular em desuso na residência do então Presidente da Câmara do Deputados, Eduardo Cunha (PMDB-RJ). Submetido a perícia e mediante autorização judicial de acesso aos dados do dispositivo a Polícia Federal extraiu uma intensa troca de mensagens eletrônicas entre o Presidente da Câmara à época e Geddel Vieira Lima. 

As mensagens indicavam a possível obtenção de vantagens indevidas pelos investigados em troca da liberação para grandes empresas de créditos junto à Caixa Econômica Federal, o que pode indicar a prática dos crimes de corrupção, quadrilha e lavagem de dinheiro.

Diante destes indícios os policiais passaram então a investigar o caso, que tramitava no Supremo Tribunal Federal em razão de se tratar de investigação contra pessoas detentoras de prerrogativa de foro por função.

Porém, em virtude dos afastamentos dos investigados dos cargos e funções públicas que exerciam, o Supremo Tribunal Federal decidiu declinar da competência e encaminhar o inquérito à Justiça Federal do DF.

O nome da operação é uma referência a uma expressão latina que, traduzida, significa literalmente, "a quem beneficia?" A frase, atribuída ao cônsul Romano Lúcio Cássio Ravila, é muito empregada por investigadores com o sentido de sugerir que a descoberta de um possível interesse ou beneficiado por um delito pode servir para descobrir o responsável maior pelo crime.

A Caixa Econômica Federal informou que está em contato permanente com as autoridades em relação à Operação da Polícia Federal realizada nesta sexta-feira (13) batizada de Cui Bono. A Caixa afirma ainda que presta "irrestrita colaboração com as investigações" e que este procedimento continuará a ser adotado pelo banco.