Para se regularizar, o microempreendedor pode solicitar o parcelamento dos seus débitos em até 60 meses. Caso ele realize algum dos pagamentos pendentes ou entregue alguma das declarações atrasadas até o dia 23 de janeiro de 2018, evitará o cancelamento. A baixa definitiva do CNPJ não poderá ser revertida e os débitos migrarão automaticamente para o CPF vinculado. Para continuar a exercer alguma atividade econômica formalmente, o MEI deverá tirar novo CNPJ.

O cancelamento da inscrição do MEI é previsto no Estatuto da Microempresa e da Empresa de Pequeno Porte e foi regulamentado por meio da Resolução n° 36/2016 do CGSIM, criada para tratar do processo de registro e de legalização de empresários e de pessoas jurídicas. A suspensão e o posterior cancelamento visam otimizar o relacionamento do governo com os MEI ativos, de modo a melhorar o desenvolvimento de políticas públicas que atendam esses empresários.