Durante a violência, 106 presos que cumpriam pena no regime fechado fugiram. Desses, até as 19h30 desta segunda-feira, 29 haviam sido recapturados pelas forças de segurança pública, mas ainda havia 77 foragidos. Outros 127 apenados também saíram da unidade durante a confusão, mas retornaram quando a situação foi controlada.

Na invasão, os detentos incendiaram colchões da unidade prisional, deixando corpos carbonizados. Acionado, o Corpo de Bombeiros conteve o fogo. O presídio foi retomado pelo Grupo de Operações Penitenciárias Especiais (Gope), com apoio do Batalhão de Choque da Polícia Militar, por volta das 16h. De acordo com a Seap, o Grupo de Radiopatrulha Aérea (GRAer) da PM também está no local desde o início da rebelião para dar apoio na contenção de fugas e na recaptura de foragidos.

A operação conta ainda com um helicóptero, que monitora os arredores da unidade para procurar eventuais fugitivos. Ao saber da rebelião, familiares dos presos foram para a porta do presídio na busca por informações sobre seus parentes.

Um relatório divulgado em 2016 pelo Tribunal de Justiça de Goiás (TJ-GO) alertava para "iminente risco de nova rebelião" na Colônia Agroindustrial. Segundo o documento — intitulado "Relatório de inspeção aos presídios de Goiás" — a unidade tem capacidade para 122 presos do regime semiaberto. Durante visita realizada em março de 2015, após um incêndio no local em 2014, o presídio abrigava 330 detentos. O documento relata que a penitenciária já chegou a abrigar 423 presos.