Afastado do cargo de 2012, ele foi denunciado pelo Ministério Público Federal pela suposta prática de peculato no caso que ficou conhecido por "Escândalo dos Banheiros", porque teria desviado, em seu proveito e de terceiros, R$ 2 milhões oriundos de convênios celebrados pela Secretaria das Cidades do Governo do Estado do Ceará com cinco entidades filantrópicas para a construção de sanitários para comunidades carentes.

Em junho e outubro do ano passado, por unanimidade de votos, a Segunda Turma do Supremo Tribunal Federal (STF) indeferiu o Habeas Corpus, em que a defesa do conselheiro afastado pedia seu retorno ao cargo.

Ele foi denunciado pelo Ministério Público Federal pela suposta prática de peculato, porque teria desviado, em seu proveito e de terceiros, R$ 2 milhões oriundos de convênios celebrados pela Secretaria das Cidades do Governo do Estado do Ceará com cinco entidades filantrópicas para a construção de sanitários para comunidades carentes.

No Supremo, sua defesa apontou ilegalidade do afastamento do cargo por prazo indeterminado, visto que a situação já perdurava quatro anos, e alegou falta de fundamentação idônea para justificar o decreto de afastamento do cargo público, na medida em que teria se baseado na gravidade abstrata do delito.

Em seu voto, o ministro Gilmar Mendes afirmou não vislumbrar deficiência na fundamentação da decisão de afastamento do cargo público ou qualquer ilegalidade na medida. Informou que o processo tramita regularmente no STJ, e, atualmente, encontra-se em fase de inquirição das testemunhas de defesa. Os demais ministros presentes à sessão acompanharam o relator, impedido o ministro Teori Zavascki, por ter participado do julgamento do caso no STJ quando integrava aquela corte.

No mesmo ano em que Teodorico Menezes foi afastado do TCE, ele teve sua aposentadoria do cargo de contador do Instituto Nacional de Colonização e Reforma Agrária (Incra) cassada.

A determinação da Justiça ao analisar a ação civil pública ajuizada pelo Ministério Público Federal (MPF/CE) devido a evidências em torno de acumulação ilícita de proventos e subsídios.

Na ação, há inclusão da análise do Tribunal de Contas da União (TCU), expondo que o Teodorico Menezes nasceu em 1948, se aposentou como contador do INCRA em 1991, com 43 anos de idade e 31 anos de serviço público e com isso, o servidor teria começado a trabalhar com 12 anos. Também houve reintegração do servidor em 1966, o que teria ocorrido, quando o servidor tinha 17 anos de idade, ou seja, aquém da idade mínima permitida para integrar o serviço público.