A adoção do banco de horas será feita pelos dirigentes dos órgão e entidades, caso seja do interesse da administração federal. As horas extras para o banco deverão ser autorizadas pela chefia, para a execução de tarefas, projetos e programas de relevância para o serviço público. Por meio de um sistema eletrônico de frequência, as horas excedentes, além da jornada regular do servidor, serão computadas como crédito e as horas não trabalhadas, como débito.

A instrução normativa também trará orientações para a utilização do sobreaviso, ou seja, o período em que o servidor público permanece à disposição do órgão aguardando chamado para ir trabalhar. O servidor deve permanecer em regime de prontidão, ainda que durante seus períodos de descanso, fora de seu horário e local de trabalho.

Nesses casos, somente as horas efetivamente trabalhadas poderão ser contabilizadas no banco de horas. Para utilização desse regime, o ministério vai recomendar que os órgãos estabeleçam as escalas de sobreaviso com antecedência.