Em 2015, o Exército informou ter fabricado 276,4 mil comprimidos e em 2017, 265 mil. O lote atual ainda não tem destinação, mas não há previsão de fabricar novos medicamentos. A distribuição perdeu força depois de mais estudos terem sido publicados desafiando a suposta eficácia do remédio contra a Covid-19.

O risco de ficar com um estoque encalhado tinha sido alertado em maio por técnicos do governo, quando o Centro de Operações de Emergência (COE) informou, em ata, que "alguns estados não quiseram receber a cloroquina e, com isso, ficou em estoque para devolução 1.456.616 comprimidos." A ata do COE informou ainda, sobre a cloroquina, que "devido à situação atual não é aconselhável trazer uma quantidade muito grande, pois caso o protocolo venha a mudar, podemos ficar com um número em estoque parado para prestar contas."