Desde que foi adotada, virou moeda de troca por apoio político e foi envolvida em diversas denúncias de corrupção — como fraudes na compra de caminhões de lixo, ônibus escolares, tratores e ambulâncias. A emenda do relator foi uma mudança drástica na maneira como o dinheiro público era usado, tornando o processo menos transparente, menos planejado e sem prestação de contas.

Dados divulgados pelo jornal O Globo aponta que Santa Quitéria recebeu, entre 2020 e 2021, o repasse de R$ 3.724.000,00 do orçamento secreto. Tauá e Nova Russas foram os municípios do estado mais contemplados com os pagamentos.

Este foi um dos temas explorados na campanha eleitoral deste ano por opositores de Bolsonaro. Simone Tebet, candidata derrotada do MDB a presidente, disse que o orçamento secreto poderia ser o "maior esquema de corrupção do planeta Terra". Lula também criticou o mecanismo e prometeu na campanha acabá-lo. Atualmente, porém, o presidente eleito vem sinalizando que apoiaria uma solução intermediária, que mantenha as emendas de relator desde que elas sejam transparentes e destinem verbas para programas alinhados às prioridades estratégicas do governo.

A mídia batizou o mecanismo dessa forma porque é impossível identificar em alguns casos qual deputado ou senador é o responsável pela criação da emenda. No começo, também era muito difícil identificar o destino do dinheiro.

A Transparência Internacional Brasil, organização que atua para defender o combate à corrupção, considera que o orçamento secreto é o maior processo de "institucionalização da corrupção" de que se tem registro no Brasil. “É uma forma de dar um verniz legal, institucional, a uma prática absolutamente corrupta na sua essência, que é a apropriação do erário público para interesses privados”, afirmou o diretor executivo da organização, Bruno Brandão.